在液相色譜儀檢測分析過程中，硅膠色譜柱上被吸附的樣品成分累積到一定程度時，就開始形成新的固定相。新的檢測物質能與殘留雜質作用形成一定的分離機理，從而導致保留時間波動，出現(xiàn)拖尾現(xiàn)象。隨著時間的積累，色譜柱的反壓就會超過泵所能承受的最大壓力，使色譜柱無法工作以及在堵塞處產生空體積。
清洗色譜柱的頻率主要看有多少強保留物質流經色譜柱，因為反相柱有時候在分辨率消失或者鬼峰出現(xiàn)前能承受很大的污染，使用者經常會等到出現(xiàn)了異常情況才開始注意。然而，污染物過多的累積會導致清洗柱子的難度加大。所以，經常用雜質較多的樣品上樣時，應當有規(guī)律地清洗柱子。
再生被污染的液相色譜柱的關鍵是了解污染物的性質并且找到適當的溶劑來清除。如果污染是因為重復進樣時強保留物質的累積引起的，可用90～100%較強的溶劑沖洗20個體積可以清除污染物。例如，柱子中殘留的脂質就能用非水溶劑如甲醇、乙晴、四氫呋喃。如果使用的是緩沖液系統(tǒng)，不要直接切換到強溶劑，突然轉換到高濃度有機溶劑可能會使HPLC流動體系中的緩沖液沉淀，這樣會導致更大的問題如柱頭堵塞、管道堵塞、泵泄漏、活塞損傷或進樣閥轉軸失靈。應該先用無緩沖流動相(即把緩沖液換成水)沖洗5～10個體積以后才更換強溶劑。
有時候，強溶劑也沒法把殘留在色譜柱上的污染物洗掉。那么就需要使用更強的溶劑或者多重溶劑來清洗柱子。一般來說，所有的清洗方法都有類似的形式。所用的溶劑都是隨溶劑強度增加，經常最后一個溶劑是非常疏水的(如醋酸乙酯)，可以用來溶解非極性物質如脂質和油類。在使用多重溶劑時，須保證每個溶劑都能與下一個溶劑互混。清洗過程要結束時，必須借助一個中等強度能互混的溶劑而回到原始溶劑系統(tǒng)。例如，異丙醇是一個非常好的作為中間步驟的溶劑，因為它能與正己烷或二氯甲烷互溶又能與水相溶劑互溶。但是異丙醇粘度非常大，必須確保較低的流速以免使泵壓過高。當然，如果使用紫外檢測器的話，避免溶劑在紫外區(qū)域有吸收，要不然需使用大量的溶劑沖洗才能使基線平穩(wěn)。
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